refusing to merge unrelated historiesの直し方

fatal: refusing to merge unrelated histories は、共通の祖先（元になったコミット）が1つもない2つの履歴を、git が merge しようとして止めたエラーです。 いちばん多いのは、GitHub で README 付きのリポジトリを作り、手元で別に作ったプロジェクトを push しようとしたときです。

確認環境：git 2.43.0（確認日 2026年10月11日）。README だけを入れたリモートと、手元で git init したプロジェクトで再現しました。

再現：push → pull → このエラー、の順に出る

最初に出るのは、このエラーではありません。 手元で git init → commit → git remote add origin ... → push、と進めると、次の順番でエラーが出ました。

1. push が拒否される

$ git push origin main
 ! [rejected]        main -> main (fetch first)
error: failed to push some refs to '../remote.git'
hint: Updates were rejected because the remote contains work that you do not
hint: have locally. ... use 'git pull' before pushing again.

リモートには README のコミットがあり、手元には無いため、push できません。案内どおり pull します。

2. pull で「どう合わせるか」を聞かれる

$ git pull origin main
hint: You have divergent branches and need to specify how to reconcile them.
hint:   git config pull.rebase false  # merge
hint:   git config pull.rebase true   # rebase
hint:   git config pull.ff only       # fast-forward only
fatal: Need to specify how to reconcile divergent branches.

pull の方法（merge か rebase か）を設定していないと、ここで止まります。

3. merge を選ぶと、このエラー

$ git pull --no-rebase origin main
fatal: refusing to merge unrelated histories

$ git merge-base HEAD origin/main      ← 共通の祖先を探す
（何も表示されず、終了コード 1）       ← 共通の祖先が無い

手元の最初のコミットと、GitHub の最初のコミット（Initial commit）は、まったく別に作られたため、つながりがありません。git は「別々のプロジェクトを誤って混ぜようとしているかもしれない」と判断して止めます。

まず確認：本当に合わせてよいリポジトリか

このエラーは、取り違えたリポジトリを混ぜないための安全装置です。オプションを付ける前に、リモートの中身を確かめます。

git remote -v                          # origin の URL が正しいか
git fetch origin
git log --oneline origin/main          # リモートのコミット
git ls-tree -r --name-only origin/main # リモートのファイル一覧

$ git log --oneline origin/main
ef6724e Initial commit
$ git ls-tree -r --name-only origin/main
README.md                               ← README だけ。合わせてよい

直し方1：pull --rebase（おすすめ）

git pull --rebase origin main
git push origin main

Successfully rebased and updated refs/heads/main.
* 6e15fc9 first                ← 手元のコミットが
* b5e7d09 Initial commit       ← GitHub の README のコミットの上に乗った
   b5e7d09..6e15fc9  main -> main    ← push も成功

rebase では、--allow-unrelated-histories を付けなくても通りました。 手元のコミットを、リモートの最新のコミットの上に載せ直すため、merge のコミットができず、履歴が一直線になります。README が両方にあって内容が違う場合は、rebase の途中で競合として止まりました（Could not apply ... first）。README を直して git add → git rebase --continue で進めます。

直し方2：--allow-unrelated-histories で merge

git pull --no-rebase --allow-unrelated-histories origin main

Auto-merging README.md
CONFLICT (add/add): Merge conflict in README.md
Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.

手元とリモートの両方に README.md があると、add/add の競合になりました。

<<<<<<< HEAD
# myapp (local)
=======
# myapp
>>>>>>> ef6724e...

# README.md を残したい内容に書き直してから
git add README.md
git commit -m "Merge remote README"
git push origin main

*   8a660d9 Merge remote README
|\
| * ef6724e Initial commit
* 2b69522 first

2つの履歴が、merge のコミットでつながりました。 git 公式ドキュメントでも、このオプションは「別々に始まった2つのプロジェクトの履歴を merge するとき」のためのもので、めったにないため、常に有効にする設定は用意しないとされています。

そもそも起こさない手順

強制 push（--force）で上書きする方法について

git push --force origin main で、リモートの README のコミットを消して手元の履歴で上書きすることもできます。作ったばかりで、自分しか使っていない・リモートの README が要らない場合に限ります。ほかの人がすでに clone・push しているリポジトリでは、その人たちのコミットを消してしまうため使いません。

確認の手順（チェックリスト）

よくある質問

Q. ブランチ名が master と main で違います。 A. 手元が master、GitHub が main のように違うと、git push origin master で別のブランチができます。git branch -m main で手元の名前を合わせてから、上の手順で進めます。

Q. pull するたびに方法を聞かれます。 A. git config --global pull.rebase true（rebase）か false（merge）を一度設定すると、聞かれなくなります。

まとめ

• 共通の祖先がない2つの履歴を merge しようとすると出る。典型は README 付きで作った GitHub のリポジトリ
• エラーは push rejected → divergent branches → このエラーの順に出る
• オプションを付ける前に、git remote -v と git log origin/main で、合わせてよい相手か確かめる
• 作ったばかりのリポジトリなら git pull --rebase が素直（オプション不要、履歴が一直線）
• 両方の履歴を残すなら --allow-unrelated-histories。README は add/add の競合になる
• 次からは README なしで作るか、先に clone する

参考・出典

確認日はいずれも 2026年10月11日です。

• Git ドキュメント「git-merge」（--allow-unrelated-histories）：https://git-scm.com/docs/git-merge

株式会社RJC ― SI事業・SES事業・AI駆動開発。RJCは一緒に成長を楽しめる会社です。